一层：
总服务台　提供办证、退证；借书、还书及问讯等服务。

普通文献借阅区　以社会科学、文学和自然科学文献等三个借阅区为主，收藏各学科中文普普通图书、报刊、音像资料等文献，满足大众型读者开扩眼界、学习科学知识、增进文化修养的需求。

少儿阅览区　收藏学龄前及学龄期书刊为主，为0-14岁儿童提供阅览、检索、导读、咨询等服务。

二层：
工具书阅览区　收藏各学科中文工具书和检索性刊物，包括字典、词典、百科全书、手册、指南、年鉴、书目、索引、文摘、历表、年表、地图、图谱、法律汇编、技术标准等文献，满足读者各学科知识与信息的检索需求。

参考资料阅览区　收藏具有研究价值的参考资料文献，包括各学科参考性中文图书、特种文献资料，如政府出版物、学位论文、史料汇编、各地方志、科技报告、产品样本以及大型文集、丛书、丛刊、汇刊等文献，满足读者一般性研究的信息需求为主。

闽台关系文献阅览区　　收藏涉及闽台两地政治、经济、文化、科技等方面关系的图书、报刊、音像资料，以及有关闽台关系背景的参考性文献，满足读者有关闽台关系专题研究的信息需求为主。

华人华侨文献阅览区　收藏相关专题的图书、报刊、音像资料等文献，满足读者有关涉侨专题研究的信息需求为主。

外文文献阅览区　收藏外文原版文献，包括各语种、各学科的外文图书、报刊、音像资料，满足读者的外语文献研究及外语学习的信息需求为主。
 
地方文献阅览区　收藏反映闽南地区政治、经济、文化、科技等内容，以及闽南地区出版和闽南籍人士编著的图书、报刊、音像资料等文献，满足读者地方研究的信息需求为主。

过期报刊阅览区　收藏过期报纸、期刊，满足读者的报刊资料查询需求为主。

专家参考阅览区　收藏较有价值的、以供专家研究阅览用文献为主，目前收藏有厦门地方史研究专家洪卜仁先生捐赠的一万多册文献。